বাংলাদেশে চিকিৎসার প্রচলন ঠিক কবে শুরু হয়েছিল তা নিয়ে মতভেদ রয়েছে। কেননা িএই চিকিৎসা পদ্ধতির উৎপত্তি িএদেশে হয়নি। তবে ধারনা করা হয় যে মুসলিম সেনাপতি এবং বিজেতা মুহাম্মদ ইখতিয়ার উদ্দিন মুহাম্মদ বখতিয়ার খিলজি যখন বাংলাদেশ বিজয় করেন তখন তার সাথে সহচরদের মধ্যে হাকীমও ছিল।প্রকৃতপক্কে ইউনানী চিকিৎসার ব্যাপক বিকাশ হয়েছিল সেই সময়টাতে মধ্যপ্রাচ্য ও মধ্য এশিয়াতে ্।তার একটা ঢেউ লেগেছিল তৎকালীন বাংলাদেশে উক্ত বিজয়ে । এর পর পরবর্তী কালে এদেশে ইউনানীর চর্চা ও বিকাশ হতে থাকে মুসলিম শাসকদের পৃষঠপোষকতায় শতাবদীর পর শতাবদী ধরে।সুলতানী ,আফগান ও মুগল আমলে অসংখ্য মাদ্রাসা ছিল এদেশে এবং সেগুলোতে ইউনানী চিকিৎসা সমপর্কে পাঠদান ও যোগ্য চিকিৎসক গড়ে তোলা হত।
